最新の安定バージョンについては、Spring Shell 3.4.1 を使用してください！

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コマンド実行ロジックは、Spring Boot の ApplicationRunner Bean 経由で行われます。通常、Spring ApplicationContext は、@EnableScheduling の使用のように存続させるための手段がない限り、または一般的に自動的に終了しないスレッドがある場合を除き、これらのランナー Bean が処理された後に自動的に閉じます。

ApplicationReadyEvent の ApplicationListener を登録し、シェルが実行ロジックを完了した後にコンテキストを閉じるようにリクエストする構成プロパティ spring.shell.context.close を追加することができます。

spring:
  shell:
    context:
      close: true

この設定はデフォルトでは有効になっていません。